AI의 지배를 벗어나기 위한 전쟁은 점점 격렬해진다. 네오(키아누 리브스 분)는 매트릭스의 내부에서 초인적인 능력을 발휘하며 인간 저항군의 희망으로 떠오른다. 그는 모피어스(로렌스 피시번 분), 트리니티(캐리 앤 모스 분)와 함께 인간의 마지막 도시 ‘시온’을 지키기 위해 싸우고, 매트릭스를 통제하는 시스템의 핵심인 ‘소스’로 향하는 여정을 시작한다. 그 과정에서 그는 스미스 요원의 변형된 존재와 마주하고, 예언자 오라클과의 대화를 통해 자신의 운명에 대한 의문을 품게 된다. 무수한 선택과 희생이 교차하는 이 여정 속에서 네오는 ‘선택’이 모든 것의 열쇠임을 깨닫기 시작한다.